跟着瓦剌逐步西迁，“瓦剌”之名逐步消逝于史籍中，尔后瓦剌以“卫拉特”之名在汗青中大放荣耀。
跟着卫拉特与察合台汗国的关系在16世纪前期逐步缓和，卫拉特南部的威胁逐步去除。
但到了16世纪后半期，跟着东蒙古与喀尔喀的先后兴起，卫拉特从头陷进到了与东蒙古的无尽战争傍边。嘉靖初期，东蒙古的俺答汗权力兴起。
在俺答汗的主持下，东蒙古对卫拉特倡议了新一轮的攻势。
嘉靖三十七年（1558年）俺答汗收兵，“越库凯罕山袭击厄鲁特、巴阿图特”。
虽然一些蒙古史乘称俺答汗在此次征伐后“囊括四瓦剌，收回本身掌握之下”，但现实效果可能其实不如斯圆满，俺答汗并未将卫拉特纳进麾下。
因为就在俺答汗西征的四年后，嘉靖四十一年（1562年），俺答汗的侄孙切尽·黄台吉“收兵四瓦剌”，“收服了失勒必思、土尔扈特两［部］的一半［人寡］”。隆庆二年（1568年），俺答汗再次“远征卫喇特苍生”。
《阿勒坦汗传》称，在此战中，卫拉特部主动投降，其领袖“率其诸子属寡回附君可汗”。
《阿勒坦汗传》的说法同样是比力可疑的，卫拉特可能并未让步于俺答汗的权势巨子，因为尔后卫拉特与东蒙古之间的战争仍在陆续，卫拉特也并不是不断处于被动挨打的地位。
彼时进攻卫拉特的东蒙古王公，除了俺答汗与切尽·黄台吉外，还有俺答汗的另一位侄孙布延巴图尔鸿台吉。
据《万历武功录》记载：“是时，套虏多走河西境外相屯结，以寇钞瓦剌为务。而把都儿为夺酋长，在河西之日久，剌咂诸族往往阴附之。”
万历二年（1574年），切尽·黄台吉与布延巴图尔鸿台吉配合收兵攻打卫拉特。但在此战中，布延巴图尔鸿台吉先胜后败，被卫拉特辉特部的王公额色勒贝率军杀死。
除了俺答汗部的权力外，卫拉特在16世纪后期还面对着来自喀尔喀的威胁，此中最次要的威胁来自土谢图汗部的阿巴泰汗与和托辉部的硕垒乌巴什洪台吉。击败卫拉特后，阿巴泰汗“差遣本身的儿子速兀泰前去做卫拉特的汗”。
阿巴泰汗击败卫拉特的时间大约是在万历十五年（1587年）。不久之后，卫拉特人袭杀速兀泰，脱节了土谢图汗部的掌握。
卫拉特人固然杀死了速兀泰，但仍然面对着来自喀尔喀的威胁。继阿巴泰汗之后掌握卫拉特部的，是喀尔喀和托辉特部。和托辉特部从属于喀尔喀札萨克图汗部，位于喀尔喀西部，紧邻卫拉特，
其初代领袖硕垒乌巴什洪台吉自称“阿勒坦汗”，颇具独立性。
向卫拉特人征收钱粮的，恰是和托辉特部。从俄国的笔录来看，和托辉特部加在卫拉特人身上的钱粮承担相当重，万历四十四年（1616年），俄国使者在卫拉特见到了硕垒乌巴什洪台吉派来的收税官，他们“向每个台吉征收二百头骆驼、一千匹马”。
卫拉特人其实不甜于不断受造于喀尔喀的掌握。早在万历三十五年（1607年），卫拉特人就试图借助俄国人的力量匹敌喀尔喀。
他们对到访的俄国使者表达，“恳求不要攻打他们，容许他们臣服俄国”，并期看俄国可以“庇护他们免遭阿勒坦汗和哈萨克汗国的进犯”。
然而，其时的俄国底子无力在西伯利亚供给任何本色性的庇护，卫拉特人不能不依靠本身的力量对抗喀尔喀。
万历四十八年（1620年），卫拉特人集全数之力向和托辉特部倡议反攻，但却被硕垒乌巴什洪台吉杀得大败而回，“阿勒坦汗残杀了他们的人，并来逃打他们”。
卫拉特人不能不移居到额尔齐斯河与鄂毕河之间，以遁藏和托辉特部的逃杀。
次年，硕垒乌巴什洪台吉又带兵占据了额尔齐斯河沿岸，卫拉特人被迫陆续西迁至托博尔河四周。
在硕垒乌巴什洪台吉的持续冲击下，卫拉特人再次连合起来。天启三年（1623年），卫拉特的诸王公在托博尔河与伊希姆河四周聚集，预备聚集力量“往打蒙前人”。
在那场决战中，卫拉特人胜利击败了和托辉特的戎行，并杀死了硕垒乌巴什洪台吉。
不久之后，硕垒乌巴什洪台吉的儿子俄木布额尔德尼“为报汗父之仇，率大军前来同卫拉特交战”。
在辉特部王公赛音恰的主导下，卫拉特人假意投降，向俄木布额尔德尼赠予了2500峰骆驼，又让每峰骆驼驮上两只暗躲军士的箱子。
在赛音恰向俄木布额尔德尼赠予礼品时，暗躲的军士一拥而上，礼服了俄木布额尔德尼，迫使其包管尔后不再加害于卫拉特。
至此，卫拉特人末于脱节了喀尔喀的掌握，不再受造于人。通过以上的梳理可见，从16世纪后半期起头，卫拉特部遭到了来自外部的浩荡威胁，俺答汗等东蒙古王公屡次征伐卫拉特。
在俺答汗之后，卫拉特又遭到了来自喀尔喀的威胁，并在喀尔喀的军事冲击下，被迫向喀尔喀纳贡输赋。
至17世纪20年代，卫拉特人起头反攻喀尔喀，试图脱节喀尔喀的人掌握。那一过程其实不随便，在履历战败、流亡后，曲至天启三年（1623年）卫拉特人杀死硕垒乌巴什洪台吉，卫拉特才从喀尔喀的掌握傍边解脱出来，得以独立。
卫拉特与东蒙古继续多年的战争，至此短暂地告一段落。
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