伊丽莎白一世之后的英王是詹姆士一世与查理一世，他们并没有对城堡停止严重的修改。因 为查理一世在英国内战期间被撤职，所以温莎城堡成为奥利弗•克伦威尔的新榜样戎行总部。因 为奸诈的国会成员约翰•维恩反叛，所以城堡在内战初期就落入克伦威尔的圆颅党之手。
鲁普特 亲王在被占领几天之后就抵达本地，筹算去夺回温莎城堡与城镇。不外虽然他对城镇展开猛烈的 攻击，最末仍是无法夺回温莎城堡。约翰•维恩担任了城堡的总督曲到1645年为行。
在圆颅党统治之下，温莎城堡遭到毁损，不外做为一个被等待的君主政体的象征，在意义上遭到的 损害比本色上更大。
因为驻军没有得到充实的报答，所以被允许掠夺城堡里的玉帛。在英格兰联邦的 时代，温莎城堡仍然是一个军事总部，也是重要的保王党人的监狱。在查理一世于1649年被处死前的 短暂时间中，曾经被监禁在温莎城堡中。在查理一世被处死之后，曲到1660年王朝复辟为行，英都城 是由克伦威尔所统治的。
在查理一世逝世的那一个刮着狂风雪的夜晚，他的遗体被偷偷地运回城堡， 后来被埋在圣乔治教堂的唱诗班的地下墓地，位于亨利八世与老婆珍•西摩的灵榇旁。
查理二世从头整顿与修复了内战期间被毁坏的城堡。同样在那个时候，法国起头建造了凡尔 赛宫，而查理二世也设想了一条道路，也就是长径。
查理二世委托了建筑师休•梅重建了皇室套房与圣乔治大厅。修以类似立方形建筑来代替位 在北阳台上的金雀花王朝套房。那些新的套房内部天花板的粉饰是由贝利奥设想，利用吉本斯雕 刻品来粉饰。而国王也要求用绣帷与绘画来粉饰房间。那些艺术做品酿成了皇家保藏的核心。
3 间被保留下来的房间别离是王后会议厅与王后谒见厅与国王餐厅，此中王后会议厅与王后谒见厅 是由查理二世的老婆凯瑟琳所设想的。那些房间仍然保留了贝利奥设想的天花板与吉本斯所造造的 镶板。本来总共有20间房间拥有那种气概。一些吉本斯的雕琢在屡次因为复辟与王权更迭所做的改 变之间被保留了下来，在19世纪时那些雕塑品被融入嘉德王的房间与滑铁卢厅崭新的设想主题中。
在查理二世于1685年逝世之后，温莎城堡垂垂处于被忽略的形态。没必要多说，城堡与花园仍然是有人栖身的传统皇家官邸，不外国王更喜欢栖身在此外处所。
在威廉三世与玛丽二世统治期间（1689年一1702年），汉普敦宫停止了扩建而且酿成庞大的现代化官邸。
在安妮女王统治的晚期，她喜欢栖身在靠近城墙的斗室子中。曲到1804年，乔治三世因为拥有13个子女，所以需要一间比其他处所还要大的住所时，温莎城堡才再度完全有人栖身。由查理二世所建筑的那些更为典范的建筑在那时候变得十分受欢送。
在查理一世期间将帕拉第奥式建筑气概介绍到英国来，但是乔治三世认为那不合适温莎城堡，于是将查理二世期间的窗户从头设想成带有哥特式的气概，城堡再度酿成了中古时代的气概。
在那段期间，温莎城堡又成为皇家的监禁场合。在1811年，乔治三世因为精神方面的疾病，也基于平安的考量，他被幽禁在城堡之中。在生射中最初的9年傍边，乔治三世很少分开温莎城堡的房间。
