1636年，后金汗皇太极改国号为清，正式称帝，清代太庙轨制也始于那一年。最后 的太庙位于沈阳抚近门（大东门）外5里的处所，前殿供奉清太祖努尔哈赤和皇太极生
母叶赫纳拉氏的神位，后殿则供奉努尔哈赤以前的4代祖先的神位。太庙建成后，每年 逢清明、元旦等严重节日，皇太极都要亲身前去焚香祭祀。
清军入关后，太祖朝的神位被移往北京太庙，本来的盛京太庙只剩下四祖神位，改 称为“四祖庙”。顺治四年（1647 )四祖神位也迁往北京太庙，盛京太庙就成了一座空庙。
乾隆四十三年（1778)，乾隆皇帝到盛京巡视时，为了完整陪国都的规造，命令重修 盛京的天坛、地坛和盛京太庙等祠庙建筑。
因为最后的太庙因废置多年，难以修复，于 是决定在盛京皇宫大清门东侧的三官庙原址重建太庙。
盛京太庙由太山门、正殿和工具配殿、耳房等建筑构成。太庙整个院落并非建造 在平地上，而是像皇太极期间的寝宫一样建在高台之上，并且太山门的位置比皇宫正门 大清门还要凸起，殿顶的琉璃瓦也一律用黄色，不加饰绿剪边，如许做的目标都是为了 表白其尊贵的地位。
乾隆四十五年（1780)，乾隆帝下旨将北京太庙中供奉的太祖至雍正 5朝的玉宝玉册原件送至盛京太庙保留。玉宝玉册是记载身后皇帝庙号和谥号的典造文 物，按造应藏于太庙中。尔后，新造玉宝玉册都做成两份，北京、盛京太庙各藏一份。
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