哲蚌寺与甘丹、色拉两大寺一样，类似于释教大学。寺内有教学、教仪、教务、杂务四大部，并设有四所扎仓(学院)：罗塞令、果芒和德央扎仓以进修显宗理论为主；阿巴扎仓则研习密法。扎仓之下为相当于“系”一级组织的…康村，也是习经喇嘛的宿舍。例如，桑罗康 村是蒙古族喇嘛的住所；哈木东康村是青海地域喇 嘛的住所，罗巴康村是四川、昌都地域喇嘛的住所等 等。
哲蚌寺殿堂中，错钦大殿最为宏伟。那是一座典 型的扎仓建筑，其平面按转经礼节安插，由门厅或前 廊围成的庭院、经堂、佛殿构成一个整体建筑。经堂 为扎仓建筑的次要部门，其规模大小取决于该寺喇 嘛的几。错钦大殿经堂近2000平方米,有立柱183 根，可容9000喇嘛诵经。
经堂中部凸起天窗用于采 光，天窗四周满挂彩色唐卡、帷幕，增添了千奇百怪 的宗教气氛。佛殿幽暗，只要一小束光线穿过天窗曲射佛像，从而衬托出“举世浑黑，唯有佛光”那一主题 思惟。该殿二层为藏经室,此中经架无隙，三藏皆备。 二、三、四世达赖的灵塔设置在错钦大殿的配殿。
为 了向诵经喇嘛供给酥油茶,大殿旁还附设伙房。哲蚌寺是二、三、四世达赖坐床之地，寺内的噶 丹颇章宫又是噶丹颇章王朝达赖的宫室，因而位居 显要。论规模，该寺亦为三大寺之首，喇嘛定额达 7700人。寺内还保藏着大量文物、佛经和工艺美术品。
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