曉之玄武浮出水面
3年後曉重磅登場，曉首領欲派出鼬誅殺叛徒大蛇丸，而鼬不知因為什麼理由推辭了， 所以曉首領通知玄武下手。另一頭大蛇丸正在準備轉生之時，被帶著面具的玄武狙擊，戰鬥中大蛇丸擊落玄武面具，面具下鲜明是兜，兜說他潛伏在大蛇丸身邊這麼多年只是為了學到不老不死之術，现在大功乐成而首領又正好命令。大蛇丸重傷之下挠住佐助逃走後準備強行轉生。侵蝕佐助靈魂時，鼬突然出現，用月讀使大蛇丸意志力銳減，靈魂反而被佐助吞食。而佐助不断昏迷，並未看到鼬的出現。
卡卡西潛力全開
卡卡西依舊安心不下佐助，於是擅離開木葉前去音忍營救佐助，正好碰上正在清理大蛇丸殘餘勢力的兜，卡卡西質問兜佐助的往向，而兜亦對木葉第一技師卡卡西的實力很有興趣，於是兩人發生戰鬥。兜实正的實力令卡卡西完全落鄙人風，昏迷中卡卡西想起了帶土，後突然撕開面罩，遮住了寫輪眼，說不断以來本身都是利用寫輪眼來取代已死往的帶土做戰，而现在要使出屬於本身的力量。兜照旧對卡卡西不屑一故，認為沒有寫輪眼的卡卡西完全沒有資格同本身戰鬥。卡卡西說要用完成版的雷切讓兜以及曉見識下木葉白牙的兒子实正的實力。
玉女的出現
全力全開的卡卡西和藥師兜在戰鬥中打得難分難解。為了保衛學生的卡卡西顯然愈加強過藥師兜。就在卡卡西準備擊殺藥師兜的時候，和藥師兜一路行動的玉女出手阻遏了卡卡西。玉女警告藥師兜他們的任務只是殺死大蛇丸，現在任務完成已經沒有需要再久留了。卡卡西當然不愿放過這個機會，但是玉女發出沖天的殺氣警告卡卡西假设不識相的話只要殺了卡卡西了。被玉女實力鎮住的卡卡西一時竟然動彈不得，只能目送藥師兜和玉女消逝。不久，得知卡卡西行動的自來也和漩渦鳴人趕到帶走了昏迷的佐助。
宇智波一族的故事
鼬離開戰鬥後，“曉”的另一個成員斗极問鼬為什麼要救佐助。鼬答复說因為佐助才是族裏面潛力最強的人，只要佐助才有期看達到他和斗极都不成能達到的寫輪眼的更高境域----以團扇之血喚醒沉睡在佐助體內的宇智波一族的聖獸“墨雀”！接著鼬憤怒的指出當年滅族一事就是“斗极”，這個4代火影的同學第2次忍界大戰的傳怪杰物也是第一個發現萬花筒寫輪眼的---宇智波炎金所操做！可是斗极表达他這樣做這是為了讓宇智波一族的精英分子遵照先代宇智波的願看：逃求絕對強勁之路！並表达過於和平的生活已經讓宇智波一族沒落了。同時“斗极”認為宇智波鼬殲滅了全族就是證明鼬的內心也是認同他的设法！鼬表达本身無法打敗斗极，但是他留下佐助的目标就是讓佐助親手來消滅他和斗极！
雙重間諜
玉女和藥師兜負命之後，玉女提出要暫時脫離組織。因為玉女發現了十分感興趣的東西要獨立研究。這時岩之國逃忍三台（第一部的豬籠草）提出假设玉女一再無視組織本身行動的話，就會和大蛇丸一樣的下場。玉女說假设三台覺得本身有實力的話隨時能够來挑戰。這時藥師兜說玉女是個很可怕的人，除了組織領袖沒人晓得玉女的面孔和來歷。玉女離開組織一路趕路，在瀑布處碰着了自來也。玉女拿下了臉上的面具，竟然是靜音！靜音告訴自來也曉的首領要她監視鳴人的時間就要到了，曉組織準備來奪取九尾了。自來也表达靜音很辛勤了，但靜音表达這樣做是為了報父親被殺之仇。
九尾的故事
自來也晚上暗會綱手。他告訴了綱手當時在第2次忍界大戰的時候，木葉為了获得戰術上的優勢，進行了一個名喊“日出”的通靈禁術開發計畫。當時的負責人除了大蛇丸還有一個人就是3代火影的兒子猿飛心之助。沒想到計畫還沒結束戰爭就結束了，眼看計畫就要胜利的猿飛心之助不甜心，繼續禁術的研究。同時這項計畫也得到了風之國的黑暗援助，不久在沙忍村的活體實驗胜利！心之助十分興奮決定在火之國進行同樣的活體實驗。鳴人這個用木葉村列位精英忍者DNA製造出來的最完美的容器誕生了，結果因為妖獸力量太強，實驗失敗導致了16年前的九尾事务。而猿飛心之助也在實驗失敗後，殺死了阻遏他的靜音的爸爸下落不明！他也就是“曉”的領袖青龍。現在經過10多年的準備後心之助禁術已經完美，而“曉”組織也準備用奪來的各國妖獸徹底消滅現在的世界格局，成立他們所期看的世界。
木葉的变节者
藥師兜和靜音再次出現在木葉，這次曉的領袖要他們奪回九尾。进夜，藥師兜並沒有按計劃行動，靜音很希罕，兜說有人會吧九尾帶給他們。突然自來也帶著混睡的鳴人出現！原來自來也才是心之助在木葉安插的臥底，九尾容器的培養就是由自來也負責，自來也的代號就是“曉”之第十人滕蛇！現在任務已經完成，自來也要回組織，同時要以“变节”木葉的功名殺掉靜音這個曉的叛徒。這時綱手突然出現，責問自來也為什麼要這樣做。自來也認為团结的5國就是戰爭的原因，只要心之助忍界大同才气永遠結束戰爭，所以本身會幫助心之助。自來也表达看在過往的情份上曉絕對不會進攻木葉，本身也不想殺綱手，但是綱手絕對不要干预他們！綱手認為心之助的計畫只能代來世界的毀滅必然要阻遏，並表达為了木葉本身會打垮自來也。於是自來也，兜和綱手，靜音交戰！危機時刻，卡卡西和阿凱趕到，但是曉的别的2個成員斗极和墨雀出現了，戰況十分艱難，靜音和阿凱先後身受重傷！
佐助和咒印
佐助回來以後因為靈魂被大蛇丸侵蝕了部门加上咒印的影響一度精神很不穩定。本身以至責怪木葉不該把他帶回來，因為這樣本身無法變強。但是春野櫻不断在照顧和鼓勵佐助，小櫻說本身一個人孤獨的話底子不克不及變強，和夥伴們在一路才是实正的變強之路。並表达這次就由她來幫助佐助征服咒印的力量。
佐助為了征服咒印一次又一次進行特訓，也一次又一次丢失在暗中之中，但是每一次都被小櫻喚醒。漸漸地佐助又變回了很久以前那個開朗的佐助！在特訓中佐助開始和本身體內的聖獸墨雀對話，佐助表达本身必然會馴服墨雀。就在又一次和春野櫻特訓回家的路上，佐助和小櫻遇見了和曉成員苦戰的5代火影等人！佐助決定這次本身來保護鳴人。可是在斗极和鼬壓倒性的實力面前佐助被打敗了，斗极告訴佐助只要獨自一人逃求強大之路才是宇智波一族強大的動力。這次佐助沒有動搖，他認為本身已經找到了最重要的人了，假设離開他們本身的強大毫無用處。可是佐助又一次被打垮了，同時為了保護他，櫻也被鼬砍到。鼬同時繼續讪笑佐助的無用，這是在大蛇丸殘留意識的影響之下，陷进暗中意識中佐助開始懷疑本身，但是小櫻突然出現鼓勵他絕對不要放棄之前的勤奋，接著鳴人也出現讪笑佐助中途而廢，然後是卡卡西老師。。。。。。暗中中的佐助突然發現了一條光亮之路，在路上的都是本身的夥伴，而在人群深處似乎也有鼬的身影，終於聖獸墨雀覺醒了！斗极準備在墨雀沒有完全發揮力量的時候搶奪墨雀。為了阻遏他，鼬犧牲了本身，臨死前鼬告訴佐助本身的功已經還清了，本身不断愛著佐助。
意想不到的援軍
鼬戰死，斗极重傷，雖然因為墨雀的力量太大使佐助昏迷。但是在綱手等人的勤奋做戰之下，自來也他們放棄了搶奪墨雀的計畫，不能不撤离。當然用鳴人做為人質要脅，他們的撤离還算順利。幾天後佐助醒來，卡卡西告訴他鳴人已經被挠走了。佐助诡计一個人往救鳴人，被綱手制止了。綱手說事關严重，已經通知了其他4國，並準備聯合行動打擊曉。這時，全身忍術盡失的大蛇丸找到綱手，要求綱手為他治好雙手，條件是透露他所晓得的全数曉的機密！綱手猶豫了很久，決定附和大蛇丸的條件，但是大蛇丸必須被木葉嚴密監視。
風之國的變故
曉組織的白虎沙之叛忍服部才躲和猿飛心之助決定奪取我愛羅體內的守鶴，因為我愛羅是90%胜利的人體標本。在沙之國他們的行動一度十分順利。但是最後在就要扼守鶴和我愛羅剝離的時候，木葉派往沙國的使者鹿丸和其他沙忍趕到了。為了順利脫身，心之助釋放了部门守鶴的力量來吞食沒有完全剝離的我愛羅的靈魂！我愛羅被守鶴掌握前要求手鞠和堪九郎殺了本身封印守鶴，但是手鞠和堪九郎無論若何也做不到！在猶豫的時候守鶴覺醒。這時鹿丸發覺曉操做妖獸的時候必須以容器的靈魂在妖獸體內做為靈媒掌握妖獸，而本身通過掌握靈媒掌握妖獸。現在我愛羅的部门靈魂被曉所掌握，而另部门靈魂和守鶴合體。
假设去除曉成員的掌握，和守鶴合體的我愛羅沒准能够蘇醒。可是青龍和白虎的力量太強了，并且還有守鶴的幫忙。沙忍們傷亡慘重，到最後鹿丸他們還是棋差一招，關鍵時刻堪九郎以犧牲自我的同歸戰術擊敗了白虎。堪九郎說這個是他這個做哥哥的第一次也是最後一次幫助我愛羅了。堪九郎的死再次刺激了我愛羅，守鶴的力量被掌握了。猿飛心之助只能撤离。
鳴人的故事
在曉的基地鳴人醒了過來。搞清狀況以後他責問自來也為什麼要這樣做。自來也告訴鳴人：他培養鳴人本來就是為了實現曉的抱负，鳴人存在的意義就是成為九尾的容器，鳴人並不是什麼廢才，而是合成了許多優秀忍者--包罗4代火影的基因製做出來的優秀容器。鳴人自己的強鼎力量就是用來接納九尾的。自來也告訴鳴人力量用在有意義的道路上才气發揮感化！鳴人反駁自來也說：保護最重要的人就是有意義的道路！只要這樣才會強大。自來也說：現在的鳴人連本身都保護不了又怎麼能保護別人。只要放心成為九尾的容器才气獲得強大。但是鳴人說本身絕對不會違背本身的忍道。這時心之助出現告訴鳴人：固執的保護一村，一國，不合理的操纵力量就是3代火影的失敗之處。並表达他會用忍界大同的道路來證明本身父親3代火影的無能。鳴人認為自來也和心之助都錯誤的理解了3代火影，和3代火影比他們都是垃圾！交涉分裂！曉決定用九尾來侵佔大部门鳴人的靈魂，只保留起码的部门來做為靈媒的掌握。
忍術天才
大蛇丸的身體被綱手治好了。但是大蛇丸發現：本身再也不克不及製造任何查克拉了。發動不了任何忍術，對忍術奇才大蛇丸來說無疑是更大的讪笑。大蛇丸仍然不放棄本身研究忍術的決心。他親自找到佐助，要求毫無保留的教佐助本身畢身的忍術知識，讓佐助做為本身的自信心的延續繼續研究世間的忍術。佐助準備拒絕大蛇丸的要求，但是春野櫻認為佐助能够承受大蛇丸的要求，不過佐助會按本身的设法研究和利用忍術---保護最重要的人。并且小櫻保證本身能够幫助佐助不會因為繼承大蛇丸的自信心而放棄夥伴！！！！
就這樣佐助附和了大蛇丸要求。綱手看到後向大蛇丸承認春野櫻有才能做到本身當年沒有做到的工作。大蛇丸則認為忍術之路只要孤獨一人就能够了！綱手則說大蛇丸現在是两面三刀。
道差别不為謀
深夜，3個身影站在歷代火影雕像前面行禮。月光之下發現他們就是：自來也，宇智波炎金和猿飛心之助。等他們行完禮後，綱手和一干上忍出現責問他們為什麼要來木葉。3人表达他們這次來木葉絕對沒有任何戰鬥的设法，并且因為想和綱手交涉才有意被他們發現。綱手說本身不會和木葉的叛徒交易，他們3人也不配給火影行禮。3人表达：即便是現在他們也仍然認為本身是木葉的忍者，但是他們的忍道和木葉大多數人的陈腐忍道差别。剛剛他們是向木葉行最後一個君臣之禮，從現在起任何要阻擋他們忍道的障礙都要铲除---即便是木葉也不破例。現在木葉假设不想捲进戰爭的話就不要再和4國聯盟，也不要再和他們為敵了。做為他們的故鄉--曉不會向木葉下手！話畢，3人要離開，綱手号令木葉忍者讓他們走。夜色中的綱手一臉嚴肅！此時曉基地的鳴人正在本身意識中和九尾戰鬥！
风起云涌处归途