皇太极即位后，成立清朝，在对外扩大方面，他决定暂且放缓对宁远的进攻，转而攻打朝 鲜：其时，明朝需要筑城、练兵，清朝则需要进攻朝鲜，掠夺财产。明清两方都需要一段休战 时间。在如许的形式下，袁崇焕提出与皇太极和谈，皇太极表达附和，但明熹宗和许多大臣表 示反对，他们认为，满清历来都是附庸国，皇太极没有资格来会谈。
皇太极操纵筹议和谈的时机，进军打败朝鲜。同时，袁崇焕也起头加紧构筑锦州中左、大 小凌河等地的防备工事，而且派出援朝戎行，但因为朝鲜很快投降，明军只能退回，没有和清 军发作正面抵触。
天启七年（1627年）四月初八，锦州城已经构筑完成，大小凌河还未落成。
蒲月十一日，皇 太极率清军渡过大凌河。驻守在大凌河城的明军无城可守，便退回锦州，清军则曲逼锦州。
蒲月十一日到六月初四，明将领赵率教率领明军与皇太极展开激战。明军操纵西洋巨 炮、火炮、火弹和矢石构成了强大的火力网，成为一道清军难以超越的鸿沟。
清军只能改用抬
运车梯，拼命夺渡护城壕。可战壕又深又宽，拥挤在战壕边的清军兵士不竭被炮火击中，尸横 遍野。两边激战到薄暮时分，皇太极眼看没有任何取胜的期看，便命令停行进攻。那一战，清 军缺失惨重，皇太极见久攻锦州不下，便转攻宁远。袁崇焕严阵以待，胸有成竹，两军相看，激 战两天两夜，两边缺失都十分惨重，但皇太极仍然没能霸占宁远。
于是，皇太极再次转攻锦 州，但锦州城池安稳，皇太极再次无功而返。而其时正值炎热的夏日，清兵中暑者良多，士气 低落，皇太极不能不撤回沈阳。
袁崇焕从此威震辽东，令清兵闻名丧胆。然而，虽有“宁远大捷”和“宁锦大捷”，袁崇焕还 是不得魏忠贤的欢心。
那时，魏忠贤见袁崇焕威势日增，便指使同党进攻袁崇焕不往搭救锦 州。袁崇焕只好告退，回老家广东往了。那年八月，喜好捉迷躲和做木匠的熹宗皇帝墨由校 驾崩，因为没有子嗣，由他的亲弟弟墨由检继位，改年号崇祯。
17岁的崇祯做了皇帝，他年纪虽小，却十分精明能干，与他哥哥大不不异，他清洁巧妙地 为朝廷翦除了“阉党”魏忠贤，并逼他他杀。
魏忠贤身后，拥护他的大臣或杀头或充军，遭到魏 忠贤排斥的袁崇焕被从头起甩。
明思宗崇祯元年（1628年）七月，崇祯召见袁崇焕，询问辽东防务事宜。袁崇焕提出了诸 如粮草赐与保障、肃清骚乱等要求，崇祯都一口容许。袁崇焕又提出了一些详细镇守辽东的 战略，崇祯表达了附和，并照办，让他往总督宁远防务。
可是，袁崇焕尚未赶到宁远，宁远突出兵变，原因很简单，戎行很长时间没有发粮饷。当 时中心财务无力，国库空虚，拿不出钱来发军饷。袁崇焕定见朝廷用内部的钱发饷，而崇祯是 一个一毛不拔的人，从此之后，他对袁崇焕便有了观点，不再像以往那样相信了。
不久之后，另一件工作的发作，愈加让崇祯疑忌和抱怨袁崇焕，即是袁崇焕诛杀皮岛上将 毛文龙的事务。
只是因为其时十分需要袁崇焕来抗清，才未加责怪。
皮岛是辽东半岛四周的一个岛屿，地势非常重要，北可抗清，东可掌握朝鲜，西南则可护 卫胶东半岛的蓬莱、登州。皮岛守将毛文龙曾因抗清有功，但后来做了魏忠贤的干儿子，贪污 横行，并曾写信给皇太极说道:“尔取山海关，我取山东。
袁崇焕为了不变形势，消弭弊患，于崇祯二年（1629年)七月以伏兵捉住毛文龙，并公布其 十二条罪行，将他诛杀。然后，袁崇焕又恳求淘汰岛兵，以增加粮饷，并避免岛兵哗变。兵士 削减了，粮饷反而要增加，崇祯觉得十分不当，但最末仍是容许了。但在崇祯帝心里深处，却 对袁崇焕起了疑心，那一事务也为袁崇焕的死埋下了种子。