也就是说，在纽约市的下水道里，他穿着四只功夫很强的忍者龟，在夜间出动，清除骚乱，成为城市的英雄。不，英雄传说现在只是嘟噜噜小料，几经波折击败老敌手大恶魔施莱德后，亲如一家的忍者龟们却渐行渐远，四分五裂。与此同时，众神的隐秘力量似乎在纽约城再次兴起蔓延，神龟们的忍者教师老鼠先生，对此越来越担忧。
原本亿万才子、尖端巨子马克斯·温特斯，刮刮了3000年活一次的行星的移动，召集了远古的魔兽军团，犹豫着想要称霸世界！而新龟宿敌纽约大脚忍者团伙也加入温特斯旗下，为老虎做了水蛭。那些收最后形态的精英忍者对于本属从属的施莱德掌握，现在是施罗德义女凯利领导下更严正的组织。
事情到现在，只要初等忍者战斗队能够阻拦险恶的权力，拯救地球！列奥纳多独自留下小学忍者鼠教师和鄙视的水道大本营，他不得不从头将新龟搭档米开朗基罗、多纳特罗和拉斐尔除首，在老伴侣艾普丽尔·奥尼尔和凯西·琼斯的帮助下，要上天，再次揭示新龟英雄本质！
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