崇祯皇帝对袁崇焕早就动了杀心。袁崇焕被凌迟处身后，崇祯皇帝仍不解气，便下 诏给袁崇焕加上了更大的功名：袁崇焕“谋叛欺君，结奸蠢国。斩帅以践虏约，市米以 资盗粮。既用束酋，阳导人犯，复散援师，明拟长驱，及兵马在效，顿兵看看，暗躲夷 使，坚请人城，意欲何为？致庙社震动，水深火热，神人共忿，重辟何辞！ ”仅仅过了 17天，崇祯皇帝又在戒谕廷臣时，将袁崇焕的“功名”进一步进步到了“通虏谋叛”的 地步：“袁崇焕通虏谋叛，罪大恶极。
尔廷臣习为蒙蔽，未见指责，此后有朋比行私、 欺君罔上者，三尺具在。”按照《大明律》的规定：“谋反” “谋大逆”者，不管主从犯，一律凌迟，祖父、 父、子、孙。兄弟及同居的人，只要满16岁的都要处斩。可见崇祯帝只要将袁崇焕以 “通敌谋反”定功，本身才气不背上冤杀忠良的骂名。
只可惜拔苗助长，当初袁崇焕蒙 原人狱之时，朝野为之震动，一些婉言敢谏之士敏捷动作起来，争相谏疏，为袁崇焕辩 白。在辽东将领中，祖大寿是营救袁崇焕最“给力”的一员，曾恳求削职为民，以自 己的官阶赠荫换取袁崇焕的人命，但崇祯帝禁绝。在袁崇焕谋反案的审理过程中，东阁 大学士兼礼部尚书成基命不断持保袁的立场，年逾古稀，还向崇祯帝叩头，力谏“临敌 易帅，兵家所忌”，“敌在城下，非他时比”，哭着恳求皇上明察，慎重处置，崇祯帝 拒不纳谏。
官拜礼部尚书兼东阁大学士、参机务的周延儒也连连上书，力保袁崇焕，崇 祯不听。给事中钱家修拼命上《白冤疏》，“为督师蒙不白之冤”，历数袁崇焕六大冤 情，称其“义气贯天，忠心捧日”，“甜同诛之功。伏祈皇上骈斩臣头以励忠臣，以成 烈士”。御史罗万寿因申辩袁崇焕无功，被削职下狱。
平民程本曲上《白冤疏》为袁崇 焕喊冤，竟被处死。在袁崇焕下狱的大半年时间里，关外将士、苍生几乎天天都到巡抚孙承宗的官衙或 者居所，为袁崇焕喊冤喊屈，情愿代袁崇焕受死的人更是不可胜数。但杀意已决的崇祯 帝对此无动于衷。为袁崇焕请命的朝臣、士医生均遭诘责，他们中的大大都或下狱，或 遭贬谪，更有甚者被处以死刑。
袁崇焕屡屡分说称本身无功遭陷，欲杀之然后快的崇祯 帝对其更是置若罔闻、熟视无睹。此时的崇祯帝，出于某种原因，已急欲将袁崇焕处死 以了却心病。同情一代名将，倾尽一生心血与精神来庇护国度，最初却被扣上了“通虏谋 叛” “擅主订定合同” “专戮大帅” “市米盗资”等功名而被“诏磔西市”。
更可悲的是其时北京城中的苍生不明本相，对皇帝的说词信认为实，认为袁崇焕投 敌叛国，一个个都对其恨之人骨。据《石匮书》所载：“见磔崇焕，时苍生将银一钱买 肉一块，如手指大，啖之。食时必骂一声，斯须，崇焕肉悉卖尽”。袁崇焕死前曾留下“身中清白人谁信，世上功名鬼不知”的悲壮诗句来表白本身的委屈。
袁崇焕被冤杀后，弃尸于市，其手下佘姓烈士深感袁崇焕之大义，“夜窃督师尸” 葬于广渠门内广东义园，并让后代世代为袁守墓。但面临此桩千古奇冤，袁崇焕至死 莫白。曲到乾隆四十七年才水落石出，得以平反。后报酬纪念袁崇焕，先后修建了祠 和墓。祠的前廊两头及室内墙壁上嵌有《重修明督师袁崇焕祠墓碑》等石刻，屋檐下是 “明代先烈袁督师墓堂”的匾额。
袁崇焕手书“听雨”石刻嵌于墙上。墓前立有清道光 十一年湖南巡抚吴荣光题写的“有明袁上将军之墓”石碑及石供桌，坟侧小丘为佘姓义 士之墓。袁崇焕文官身世，半路出任武职，令骁勇多智的努尔哈赤和皇太极两代英雄均在 他手下铩羽而回，不克不及不让人服气。他生成的军事才气和独有的战术目光几可与岳飞比 肩，而他的下场却比岳飞愈加悲苦。
清朝的康有为曾为“有明袁上将军墓”题了一副对联：“自坏长城慨今古，永留 毅魄壮山河”。几遗恨、几不甜、几壮志豪情、几哀叹可惜，都在那副对联中 了。《明史•袁崇焕传》称：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”袁崇焕一死， 明朝亡国已经是不成逆转的场面地步。
袁崇焕是以“通敌叛国”的功名被处死的，“卖国贼”的功名也让他整整背了 153 年。曲到1782年，乾隆帝弘历在披览《明史》的过程中发现了袁崇焕的委屈，据《明 史•袁崇焕传》载：“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使往。 其人奔告于帝，帝信之不疑。
十二初一再召对，遂缚下诏狱。”乾隆阅毕大发慨叹道： “袁崇焕督师莉辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不克不及罄其忱悃， 以致身罹重辟，深可哀怜”。他又查阅《清朝实录》，发现是皇太极通过杨、李二寺人 施行“反间计”，假崇祯之手将强敌袁崇焕除掉的史实。
于是乾隆皇帝于1784年下诏为 袁崇焕平反，案情始末末于水落石出。并“着广西巡抚查出袁崇焕后嗣，量材录用，以 奖忠良”。