位于南京城南三山街的清实寺，建于明洪武二十一年(1388年)，是南京最早的伊斯兰教寺院之一。该寺用“净觉”定名，据说是缘起于明代开国皇帝墨元璋。传说昔时墨元璋身边有两员穆斯林将臣，一位是常遇春，一位是胡大海。他俩崇奉热诚，连墨元璋也晓得他俩经常往三山街清实寺做礼拜。
有一天，墨元璋到寺院找常遇春、胡大海，适逢常、胡二将正在礼拜大殿礼拜，就急不成待地要进往，当一脚跨进门槛时，寺司务上前阻遏，要他脱了鞋进殿。墨元璋只好把进大殿门槛的那只脚(进脚）退了回来。那件事墨元璋很有一些慨叹，后来，他敕建三山街清实寺时，就把“进脚”谐音为“净觉”做为寺名，表达了他本人对伊斯兰教礼节的敬重。
明宣德五年（1430年)穆斯林航海家郑和在七下西洋前夜，奏请重建“净觉 寺”。其时占空中积约40亩，但重建后不久，即毁于火灾，仅存寺院门楼牌楼。如今人们所见的，乃清光绪三年(1877年)和清光绪五年(1879年)两次重修的，它是 全国古代闻名清实寺之一。
寺内，明建砖雕门楼牌楼精巧，正中龙蟠石上镌刻的“敕赐”二字，清晰可见。从礼拜大殿、对厅、南北讲堂、看月楼的建筑风气来 看，都是木构造楼阁式，是一座典型的中国传统建筑风气的清实寺。明末清初，中国伊斯兰教闻论理学者王岱舆、伍遵契、刘智等，曾在该寺停止伊斯兰学术研究活动。
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