第一部 黑社会里接连发作了黑手党干部被谋害的事务。在那背后传播着谜之组织“Inferno”和最强的杀手“Phantom”的传言……。 一小我在美国游览的少年配角，在Phantom杀死查询拜访她的记者的现场，偶尔碰着了Phantom，发现她其实是个与本身岁数相差无几的少女。
之后，他被Inferno的科学家Scythe Master抹消了记忆，并为了取回记忆而拜被称为Phantom的少女Ein为师成为杀手。 之后，他在某天通过了射杀一名SAT的考验后，正式成为了Inferno的杀手。 然后，配角得到了Zwei的代号，和Ein一路杀人。
大约过了半年摆布，Zwei发现看似无豪情的Ein其实是个把豪情深埋在心底的人。 Ein接到了条指令后零丁往施行使命了，而Zwei则担任Scythe的上司Claudia的保镳。 通过Claudia，Zwei取回了本身的记忆，记起了本身是日本的中学生吾妻玲二。
此时Claudia要求配角以吾妻玲二的身份向她小我效忠。 因为记忆恢复而良心备受煎熬的玲二跑到了本身的杀手操练场合，在那里见到了身负重伤的Ein。 本来所谓的使命是Scythe让她变节Inferno。 此时，玲二必需在三个抉择中做出定夺: 一孤身一人逃回日本往 二和Ein一路逃走 三向Claudia效忠 抉择一，配角逃回日本以后因为记忆错乱酿成了神经病。
END 抉择三。 玲二为了证明本身对Claudia的忠实，决定杀掉Scythe。 颠末一番激战，玲二因为开枪击中了庇护Scythe的Ein而得到了Claudia的相信，成为了最强的杀手Phantom。 一年后，身为Claudia恋人的玲二为了她正在做谋害日本黑帮的工做，却不测地再见到了Ein的身影。
在Claudia的房间中，玲二带着笔录有Inferno奥秘的MO预备和Claudia一路潜逃，此时Ein挡在了他的身前。本来一切都是Inferno为了挖出内奸Claudia所设的圈套。 在平静的月光下，玲二为了Claudia，射杀了Ein，看着她在本身的怀中气绝。
拿着MO的玲二，在颠末猛烈的汽车逃逐战之后，末于逃到了平安的处所。 此时，Claudia却拿枪指着他说:“我要逃向的阿谁组织，要求你的尸体做为忠实的证明。” 玲二必需在二个抉择中做出定夺: 1任Claudia开枪 2向Claudia开枪 抉择1，玲二在垂死之际对着泪流满面的Claudia说:“只要活下往，总有一天能取回失往的工具。
我相信你能做到。” END 抉择2，倒在玲二怀中死往的Claudia露出了幸福的浅笑。 带回MO的玲二从头得到了Inferno的相信。 5年后，包罗Scythe在内的Inferno干部一个接一个遭到谋害，而下手的人是--玲二。 END 抉择二，玲二决定带Ein逃走。
面临为本身的杀手身份而苦恼不胜的Ein，玲二为了她取了个新名字:Elen。 玲二和Elen为了逃走决定杀掉Scythe 。 合理玲二朝着Scythe开枪的时候，Elen冲上往为Scythe挡枪。 成果Scythe逃走，而玲二则回到Inferno成为Phantom。
第二部 一年后，玲二在使命中捡到一个少女Cal。 为了庇护她，玲二谎称Cal是本身的门徒。 在和Cal一路生活中，玲二不测地发现她有着十分优良的杀手才气，而Cal也决定挺身庇护玲二。 玲二在使命中不测地再次见到了Elen的身影。 在领略到一切都是Inferno和Claudia的勾心斗角以后，玲二决定带着Cal逃走，却发现Cal所在的屋子已经被炸个破坏。
--分收 分收一，对一切失看的玲二回到了当初碰见Elen的处所。 Elen呈现，将玲二射杀。 临死前的玲二对Elen说道:“同情的人。正因为你无法扼杀本身的豪情，才会不能不如斯地痛苦。” END 分收二，因为Cal之死而怒形于色的玲二冲向了Inferno干部们的所在地。
颠末一阵乱斗之后，干部及保镳们被射杀。 身受重伤的玲二在垂死之际念到:“Cal，你在哪里啊?没有你的处所，本来是那么地冷冷。” 三天后，在爆炸时正好外出的Cal不断在废墟里等玲二回家。 当她在雨中末于大白玲二已经不成能再回家了时候，一边流着眼泪一边轻声说:“骗子。
” END 分收三，呆呆地站在一片废墟前的玲二预备他杀殉情。 此时正好碰着回家的Cal。 玲二决定不断为庇护Cal而活下往。 END 分收四，玲二回到当初碰着Elen的处所。 在那里见到Elen的玲二被她所感动，两人一路流亡。 第三部 二年后，玲二和Elen在日本的学校里过着通俗学生的生活。
在玲二被一个喊藤枝美绪的少女告白当日，他遭到了狙击。 狙击他们的人是他们认为已经灭亡的Cal。 Cal在那天认为玲二和Elen抛下本身单独逃走，在对一切的失看中加进了Inferno代号为Drei，成为了第三代Phantom。 在领略到无路可逃之后，Elen决定瞒着玲二单独和Drei决斗。
而玲二则试图阻遏此事。 分收一: 玲二掉臂决斗中的二人，转往救被绑为人量的美绪。 美绪末于熟悉到玲二和本身是差别世界的人，但仍然深爱玲二。 玲二和美绪告别，分开日本。 几年后，玲二再次回到日本，与美绪相见。 美绪END 分收二: Elen和Drei展开决斗。
玲二乱进，并诡计射杀Elen。 Drei末于大白玲二没有变节本身。 此时Scythe率领六个少女杀手Vier,、Fünf,、Sechs,、Seiben、Acht 、Neun杀到，Elen为了保护两人逃走而牺牲了本身。 而玲二和Drei则一路过上了杀手生活生计。
Drei END 分收三: Elen和Drei展开决斗。 玲二乱进，杀死了Drei。 玲二和Elen一路把之后杀到的Scythe和六个少女杀手Vier,、Fünf,、Sechs,、Seiben、Acht、Neun杀掉后，分开了日本。 玲二和Elen抵达了Elen的故土。
Elen在本身出生的地盘上，末于发自心里地露出了笑脸。 Elen END 分收四 Drei杀死了乱进的玲二。 心里豪情完全瓦解的她疯狂地杀死了之后杀到的Scythe和六个少女杀手Vier,、Fünf,、Sechs,、Seiben、Acht、Neun。
几年后，不断杀人的Drei在某个海岸被为玲二报仇的Elen谋害。 面临带着浅笑死往的Drei，Elen仰天大喊:“玲二，我此后该为了什么而活啊!?”。