20世纪1901年生于四川省内江县茂市镇。1907年承袭家学，读书、习字，父为前清诸生，长于书画治印。1913年在前秀气才张曲斋门下受教五载，习学古典文学、诗词，亦受教华山庙碑和唐人书法。1917年频频摹仿，潜心研习石涛、八大、唐、宋各各人等。
1921年在成都基督教青年会学英语。1924年考入成都机械专门学校。1926年结业于成都机械专门学校。1928年上海肄业，与张善子、张大千同住上海法租界西路径西城里号。1930年以仿古石涛山川《人语响孤峰》一幅同张大千所做《荷花》一幅参与柏林中德美展。
1932年同何香凝密斯合做出山川花卉多幅参与上海抗日募捐展。同年，在上海宁波联盟会馆举办小我展览。1934年赴日本东京肄业。1935年就读于日本铁道讲习所、早稻田大学、东京大学，在日留学期间以巨幅仿古石涛山川画两幅参与日本帝国美展。1937年与张大千在北平中山公园“水榭”结合举办画展。
1938年与张大千在重庆交通银行举办抗日募捐联展。1944年旅游昆明，以写生做品六十余幅，于南屏片子院展出。1944年经孙中山挚友刘禹生先生介绍与潘蜀新手重庆柏林餐厅成婚，出名书法家于右任先生做证婚人。1945年在成都中华书局与大千举办结合展出。
展出前因病返家。部门未完之做大千代余完成并题款。1945年于成都四川省银行举办小我展览。1947年在成都少城公园举办小我画展。荷花1951参加中华美术工做者协会，重庆举办抗美援朝捐献画展，以三十件做品参展，将全数画展所得捐助抗美援朝。1954年被西南美术工做者协会吸收为会员。
同年参与美协重庆分会。1957年划为右派，58年定为揭帽右派。1962年因双肩关节炎赴北京治病，借居中央美院院长吴做人家中。1962年受陈忠仁（刘少奇秘书）之邀与仇鳌、傅抱石等前去庐山游览，后独留海会禅院，月余返京，写稿四十余幅。1963年毛泽东七十岁生日，为其写《青松红日》山川一幅恭喜。
1964年，在北京政协礼堂举行画展。被誉“海外有张大千，国内有晏济元”。1964年北京政协元旦举行六十岁以上白叟会，由墨德、彭实、郭沫若、谢无量、陈叔通诸老保举以做品四十余幅在北京政协礼堂展出。1965年卧病在床长达八年余。1977年退休后养病在家，重振艺事，再染丹青。
1979年应文化部中国画创做组邀请怀关良、钱松岩、陆俨少、宋文治、亚明、黎雄才、启功等首批画家在北京颐和园藻签堂做画。1980年参与省文化会，被推为中国美术家协会四川分会理事。1981年任重庆美协副主席，重庆国画院副院长。1982年由中国美术家协会主席吴做人介绍参加中国美协。
同年在深圳文化宫举办小我画展。1988年任中国社会福利教科文中心国画研究会理事。1990年乌江写生，为时一月。八月，去乐山、峨嵋阅读写生。1993年在北京军事博物馆展出做品一百八十余件。拜候老友华君武、吴做人、启功等。1994年晏济元书法绘画展和艺术研讨会在重庆市博物馆举行。
1996年出书第一部《晏济元书画集》。1997年由重庆电视台播出三集专题片《国画巨匠晏济元》。1997年10月应邀在香港集古斋展出，新华社香港分社副长张俊生、外交部驻港副特派员刘鸿晓、出书集团部裁李祖泽、饶宗颐等主持剪彩。1998年9月3日在上海美术馆展出，程十发先生等上海书画名人五百多人出席了开幕式。
展出期间，上海电视台、《新民晚报》、《文报告请示》、《结合时报》等做出了专题采访报导。1999年1月，9月在汕头市文化艺术交换中心展出，汕头市市委书记壮礼祥、市长周日方旁观了展出。1999年7月在顺德市天任美术馆展出做品107幅。1999年10月在重庆中天大酒店举办晏济元祝酒会，重庆市农、政、军指导及书画界名人出席了酒会。
1999年11月赴云南昆明、丽江写生，跨虎跳峡、登玉龙雪山，云南电视台做了《晏老游丽江》专题报导。 21世纪《泼墨山川》2000年9月在深圳画院展出，广州军区司令刘镇武及深圳市市委副书记李统书、李容根（现广东省副省长）、李有烈、宣传部部长白日等党、政、军指导出席了开幕式。
2001年7月在北京中国美术馆展出，启功出席了剪彩，中央电视台“东方之子”、北京电视台做了专题报导，人民日报、光亮日报、中国工商报、中国老年报等做了相关报导。2001年7月-9月应邀在北京垂钓台国宾馆，为其做2m×3m巨幅山川画一幅，全国政协副主席杨汝贷、中国社科院院长李铁映等前去垂钓台看望了晏老先生。
2002年5月在深圳电视台《长青岁月》，9月广东卫视《南粤大地》做了专题播放。2002年8月，晏老103岁登华山写生。2003年3月15日应邀参与中央电视台《东方时空》开播十周年大庆书画笔会活动。2003年7月在成都四川省美术馆展出，10月登泰山写生。
2004年月在广东省东莞市博物馆展出。 2008年7月15日将在成都皇冠假日酒店举办晏济元巨匠的书画专场拍卖会。 。