萨迦南寺大殿顶层的西、南两面都有宽阔的长廊，廊壁上均为壁画。南廊壁画是萨迦祖师的巨幅画像和昆氏世系画像。西廊墙上则绘有130多幅图案新颖而又各各差别的圆形坛城，每两个坛城图案的上下空隙还各画一个小型坛城，如时轮金刚坛城、集密不动金刚坛城、金刚无我十五神母坛城、喜金刚海生派坛城、金刚界坛城等等。
萨迦寺的坛城壁画坛城，梵文音译为“曼荼罗”，藏语称“吉廓”。《密宗要旨》解释曼荼罗具有圆轮之义、发作之义和聚集之义：圆轮者，圆具寡德；发作者，发作诸佛；聚集者，聚集十方三世诸圣于一处。它现实上就是释教密宗的修行道场。密宗修“秘 法”时，为避免“魔寡”侵入，在修法之处筑圆、方相间的土坛，中心更高一层 用“井”字形或八卦形分隔成九个范畴；中央置本尊像，本尊的四方、四隅各置一佛或菩萨，四周再置一二层菩萨或护法神像。
因为坛城外围一般为圆形，坛城 上聚集浩瀚的佛、菩萨，暗示诸尊集会，所以也叫“轮圆具足”和“聚集”。密 教声称:在坛城中修法，可与神灵交通思维活动，承受如来“神力加持”，“拂除烦 恼功障”。坛城的名称凡是以中心主像的名字定名。差别的密宗修持法供奉差别的本尊主像，如萨迦寺上述多个坛城就别离以时轮金刚、不动金刚、喜金刚等为 本尊像，金刚界坛城则以大日如来为主像。
除壁画之外，萨迦寺所藏经书和其他文物也很丰硕。凡是把各殿堂靠墙的经 橱均称为法墙，萨迦寺的法墙甚寡，藏书有4万卷，并且大大都为八思巴期间集中 全藏缮写家，用金粉、银粉、墨砂汁或墨汁精工写成，是极为贵重的文化遗产。 如《八千颂铁环》经书，长1。
31米，宽1。12米，全用金粉写成，据说花7年时间才 完成，确系写经中之瑰宝。萨迦寺保藏的卷轴画(藏语称唐卡)共3000余幅，据1966岁首年月步判定，此中宋、元、明期间的珍贵唐卡有360余幅，它们是萨迦寺的寺宝。此中，反映八思巴与忽 必烈会晤的一套30卷唐卡，更是弥足珍贵。
佛像是佛、法、僧三宝之首，萨迦寺的各类大小佛像约有2万多尊，此中也有 良多是元、明以前的做品。在释教徒看来，萨迦寺还有4件珍奇的宝贝，即：贡布古如(由竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像)、朗结曲丹(由大译师帕日洛扎娃修建 的佛塔，塔里经常出水，被视为神水)、文殊菩萨像(萨班供奉的本尊像，据说在像 前念7天《文殊经》就能翻开聪慧之门)和玉卡姆度母像(八思巴供奉的本尊像)。
萨迦寺保藏的各类瓷器约有2200余件，此中多为元、明瓷器，也有少量宋瓷。大殿右侧的雕龙玉钟，专门用来罩佛前的长明灯；一块长方形的玉板，上面题了一首汉文诗，落款题“醒石”二字，那两件也被称为寺内二宝。四周的陈列 或保藏，如元忽必烈皇帝所赐的白海螺(法号)、僧衣、竹帽、盔甲、靴等，以及封 浩、诏书、印章、元朝纸币和古老的法器、供器等等，更是难以计数。
因为萨迦寺储藏了大量的经卷、佛像、壁画、卷轴画和其他珍贵文物，可与 敦煌的文献、艺术相媲美，所以才有“第二敦煌”之称。