13世纪蒙古贵族人主中原，成立元朝，定都北京，皇帝祖先被称为“黄金家族”，所遗留下的家谱案卷、世袭谱册被称做“金册”，均收藏于皇宫之中，历代皇帝皆如斯。在元朝末年，明军北伐，围攻大都（今北京），元末皇帝元惠宗妥懼帖睦尔仓皇逃离大都，没来得及照顾《蒙古秘史》。
明朝大军攻占元大都后，得到了那部元朝皇室的祖传秘笈。因为藏于此书的处所在皇宫内，不只外人看不到，就连朝廷中的一般史官也不曾见过，保留得比力奥秘，所以人们把它称为《蒙古秘史》；又因为是记载元朝的变革开展的，所以又称《元朝秘史》。明朝洪武年间，墨元璋号令翰林侍讲火原洁、编修马懿赤黑二人按照其时保留在元朝宫廷中的《蒙古秘史》本来，用汉字拼写成蒙古语（即所谓“纽切其字，谐其声音”），而且在每个蒙文单词右旁附加了汉译文，又在每节之后附以汉文总译的体例停止了前无前人的革新。
后来，畏兀儿体蒙古文版的《蒙古秘史》奥秘失踪，汉文音译的明朝版本却得以传播了下来。
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