康熙的开通和宽大在清朝诸帝中可谓绝无仅有，但是在他执政的后期，却发作了株连300余人、震惊朝野的文字狱大案——戴名世《南山集》案。那事实是怎么回事呢？戴名世52岁，赴顺天乡试，中第五十七名举人。第二年参与会试未中，复于康熙 四十八年（ 1709年）再试，中会试第一名，殿试以一甲第二名进士及第（俗称榜眼）， 授翰林院编修，在京供职，参与明史馆的编辑工做。
在康熙四十一年（1702年）的时候，戴名世的门生尤云鹗把本身抄录的戴氏古文百 余篇刊刻行世。因为戴氏居南山冈，遂定名为《南山集偶抄》，即出名的《南山集》。此书一经问世，立即流行江南各省，其发行量之大，传播之广，在其时同类的私人著做 中是稀有的。
康熙五十年（1711年），即因行世已久的《南山集》中录有南明桂王时史事，并多 用南明三五年号。左都御史赵申乔以“傲慢不谨”的功名弹劾戴名世，谓其“妄窃文名，恃才放纵，前为诸生时，私刻文集，肆口游谈，倒置长短，语多狂悖，逞一时之偏见， 为不经之乱道……今名世身膺异教，叨列巍科，犹不逃悔前非，焚书削板；似此狂诞之徒， 岂容滥侧清华？臣与名世，素无嫌怨，但纲纪所关，何敢徇隐不言？……”康熙皇帝命刑部审核此事。
刑部官员从《南山集》的《与余生书》中找到了“功证”。《与余生书》是戴名世写给他的一个门人余湛的。余湛曾偶尔同僧人犁收扳谈，说及南明桂王之事。犁收本是南明桂王宫中宦者，桂王被吴三桂所杀后，他遂削发为僧，钣依 佛门。犁收是亲身履历过南明朝之人，他所述之事应当比力可靠。
戴名世得知此动静后， 忙赶至余生处，但犁收已离去，二人未能晤面。戴名世于是吩咐余生把所听到的情况写 给他，并与方孝标所著《滇黔纪闻》加以对照，考其异同，发现了一些可疑之处。于是， 戴名世又写信给余生，询问犁收下落，欲与其“面谈共事”。那毫无疑问触动了清统治者敏感的政治神经。
康熙皇帝龙颜大怒，刑部遂深究猛治, 以“大逆”定狱，提出了株连九族的惩处定见。拟将“戴名世凌迟处死，其弟平世斩决, 其祖、父、子孙、兄弟、伯叔父兄弟之子，俱解部立暂，其母女妻妾姊妹、子之妻妾、十五岁以下子孙、伯叔父兄弟之子，给功臣为奴”。康熙五十二年（1713年）二月又下 诏“法外施仁”，把戴名世凌迟改为斩首，其家人等皆加恩宽免。
与此事有瓜葛被株连者甚寡。为刻《南山集》出资的尤云鹗、刻《南山集•孑遗录》的朴直玉、为《南山集》做序的方荀等人以绞刑论处。后来康熙又出于收购人心的需要， 将原定处死的近百人改为流徙黑龙江宁古塔，罚人汉军旗籍。那时余湛已先死于狱中。 后来康熙得知方苞擅长古文，是个罕见的人才，遂又命令将其召回，赦宥其功，加以任用。
又因《南山集》多接纳方孝标《滇黔纪闻》中所载南明桂王明史事，遂连累至方氏宗族， 一并定罪。其时方孝标已经逝世，亦因《滇黔纪闻》文字案被剖棺戳尸，妻儿等人被发 配放逐于黑龙江（后亦被宽免），财富尽没人官。《南山集》案连累人数达300人之多，是清前期较大的一粧文字狱案。
而戴名世、 方孝标的所有著做及书版被清查以销毁，列为禁书。