现存次要建筑有北宋 所建的拱门、奉天坛和近代改建的明善堂。拱门 高20米，宽4.5米，用青、白花岗石砌筑，.分 外、中、内三重，皆圆形穹顶尖拱门，巍峨壮不雅。屋顶做平台，是伊斯兰教徒望月决定斋月起 斋日期的处所。平台两侧和后部，围筑“回”字形垛子，仿佛古城墙的城堞。奉天坛是做礼拜的场 所。屋顶因1906年地震已坍塌，只剩下四周的石墙。东墙有一尖拱形正门.南墙上开八个长方形 大窗，北墙开一长方形窗。西墙中部向外砌出一坛，为讲经坛。坛中有一大壁龛，两侧墙上各有 三个小壁龛。南墙外壁和大小壁龛有阿拉伯文《古兰经》石刻经文。寺内还有明成祖在永乐五年 (1407年）颁布庇护清净寺及伊斯兰教石刻的 《上谕》一方。明善堂是一座两进式的中国气概的砖木构造。清净寺是我国与阿拉伯列国友好往来 和文化交换的汗青见证。为全国重点文物庇护单元。
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