顺治二年四月，左良玉率数十万军力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮”，马士英竟诎史可法尽撤江防之兵以防左良玉，只得兼程入援，抵燕子矶，以致淮防空虚。左良玉为黄得功所败，良玉呕血死，三军降清；史可法衔命北返，此时盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至扬州，继续抵御清兵。
顺治二年（1645年）5月10日，清豫亲王多铎兵围扬州，史可法传檄诸镇出兵搭救，刘泽清北遁淮安，仅刘肇基等少数兵至，防卫见绌。此时多尔衮劝降，史可法致《复多尔衮书》回绝投降。副将史德威史可法跟随丰年，可法收德威为义子，托以后事；二十四日清军以红衣大炮攻城。
天黑扬州城破，史可法自刎不死，世人拥下城楼，大呼曰：“我史督师也！”，多铎劝降，可法暗示： “城亡与亡，我意已决，即碎尸万段，甘之如饴，但扬城百万生灵不成杀戮！”，后壮烈殉国。多铎因为攻城的清军遭到很大伤亡，心里怨恨，命令搏斗扬州苍生。大搏斗延续了十天，灭亡八十万人，史称“扬州十日”。
史可法身后十二日，其遗体不知下落，隔年，史德威将其衣冠葬于扬州城天甯门外梅花岭。后来全祖望曾写《梅花岭记》描述此事。
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