忍者神龟的故事？
话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟，它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠。一次偶然机会，它们救了一名正义的电视女记者，她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人。在多次行侠仗义后，他们与城市里的一个神秘组织结怨。这个组织招募了很多无知的青少年，教他们功夫，同时也指示他们做坏事。
忍者神龟
在神秘组织的一次突袭后，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
这个时候，女记者的上司又抱怨儿子经常夜不归宿。原来他也已经参加了那个组织。而在看到神秘组织领导对待老鼠老师的凶残后，少年跑来通知了忍者龟，并告诉了他们神秘组织的藏身地。而老鼠老师这个时候也听出，那个总是戴着面具的神秘组织头目，就是多年前在日本杀死自己主人的坏蛋。最终，忍者神龟们齐心合力，救出了自己的老师，彻底粉碎了神秘组织，而他们，也成为了少年们心中的英雄，成为了他们的新偶像。
第二部
忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处，但史莱德同时也发现这一秘密，于是他们之间又展开了新一轮的战斗，而忍者神龟们也在战斗中得到了提高！
第三部
忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本，他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵，并夺回魔杖拯救纽约市！
第四部
忍者神龟：旋风再起
话说在纽约市的下水道之中，居住着四只功夫高强的忍者神龟，他们夜间出动，除暴安良，成为了城市英雄。不过，英雄传说如今只是街头小料，在几经周折打败了老对手--大恶魔施莱德之后，亲如一家的忍者神龟们却渐渐疏远，就差没四分五裂了。与此同时，神秘的黑暗力量在似乎又开始在纽约城蔓延，神龟们的忍者老师鼠先生，越来越为此担忧。
原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，为了弥补自己在3000年前犯的错误，试图抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召唤出来的13只魔兽送回去，而温特斯的四个兄弟（石人）却想召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约脚帮，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。
《忍者神龟——03版本动画》讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——一只来自日本的超级大老鼠。神龟们各个骁勇善战，身怀绝技，为了维护正义，保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者（史莱德的部下）展开殊死搏斗……
这四只神勇无比、所向无敌、神气十足的小乌龟，手执忍者刀、武士棒、双截棍和钢叉，披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，始终与妖魔鬼怪斗争着……性格迥然的小乌龟还以知名艺术家、科学家命名（是当时老鼠老师以文艺复兴时期四位大师的名字命名的），分别是他们的领导者达芬奇、暴躁冲动却富有 *** 的拉斐尔最爱搞笑的米开朗基罗和个性沉稳的多纳泰罗、。这四只大名鼎鼎的小乌龟，是动画史上最强的忍者。
忍者神龟的大结局是怎么样的？
忍者神龟的大结局如下:
神秘的黑暗力量在纽约城蔓延，神龟们的忍者老师鼠先生和留在下水道大本营的李奥纳多，必须重新齐集神龟伙伴即米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔，在老朋友艾普莉尔和凯西的相助下，上天入地，再显神龟英雄本色。