清水河在清水河县，因坐落于清水河畔得名，位于内蒙古自治区唤和浩特市最南端，东南以长城为界，与山西省朔州市平鲁区、偏关县交界；西濒黄河，与鄂尔多斯市准噶尔旗隔河相看；北依古力班吉河，与和林格尔县、托克托县相邻接，属典型的黄土高原丘陵沟壑区。
清水河县地处内蒙古高原和黄土高原接壤地带，地量构造属山西台背斜与内蒙古地轴相接之过渡带。岩石平缓，黄土笼盖较厚，地势由东南向西渐次低下，均匀海拔高度1373.6米。境内有10座名山和90余座大小山岳。黄河、浑河、清水河。古力巴尔河穿境而过，总长度为204公里。清水河县属大陆性干旱天气地域。
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