水芙蓉的花原基着生于藕带处芽内、幼叶基部的后背；水芙蓉的花单生、两性;萼片4-5片，呈绿色，花开后极易脱落。花多为桃形或圆桃形，暗紫或灰绿色。花有单瓣、复瓣、重台、千瓣之分，水芙蓉花的颜色也多种多样。有深红色、粉红色、白色、淡绿色及间色等改变。花期大约6-9个月，单朵花期只3-4天，千瓣类能开10天以上。水芙蓉的花径更大可达30厘米，最小的不敷10厘米。雄蕊60-450枚，花药上有一些屑物，屑物一般为黄色，花丝白色;校头顶生，子房位于上位,心皮大都别离，散生于碗形、喇机形的绿色花托内。花谢后膨大的花托称莲蓬，莲蓬上有3-30个莲室，莲蓬葆育一般时，每个心皮构成一个卵形小坚果。有时心皮会“泡化”或瓣化，不克不及构成果实。
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