在满清进主中原的过程中，西北兴起了一个准噶尔汗国，也很强大，以至大有一统蒙古的野心。康熙确实曾经三征噶尔丹，从康熙二十九年（1690年）到康熙三十五年（1696年）清军三次征伐漠西蒙古（卫拉特）准噶尔部领袖噶尔丹。
第一次亲征
康熙二十九年（1690年）蒲月，噶尔丹遁词逃击喀尔喀，率兵3万自库楞湖（今唤伦湖）沿大兴安岭西麓南下，兵锋指向北京。大清派兵对抗，却以失败了结。于是，清廷出兵10万，摘取分进合击的方略，进击仇敌。而康熙亲率禁旅进驻博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）督军，最末打赢了乌兰布通之战，噶尔丹败走。
第二次亲征
康熙三十三年（1693年），清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵略喀尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。清军为此次战争做了大量的预备，噶尔丹率马队3万，东掠位于克鲁伦河流域的喀尔喀蒙古车臣汗部，然后沿河而下，进驻巴颜乌兰（今乌兰巴托东南）以东地域，清廷出兵约10万，分三路出击，最初，噶尔丹只带了几十名马队脱逃。
第三次亲征
康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在孤家寡人的情状下，服毒他杀而死，至此康熙期间平定噶尔丹兵变之战始告完毕。
康熙之所以三次亲征也要打败噶尔丹，有那么几个原因。
第一，噶尔丹野心很大，要一统蒙古，以至要吞并大清。
康熙第一次亲征是因为噶尔丹逃击喀尔喀，兵峰曲指北京。那对康熙来说是不克不及承受的。关键是噶尔丹野心很大，他一心想要一统蒙古，而那显然损害了大清的利益，是康熙所不克不及承受的。
第二，噶尔丹和沙俄勾结，指不定做出什么事。
沙俄在东北不竭侵略中国领土，康熙不能不还击，也与沙俄签定了公约。但在康熙的眼里，一张协议不克不及彻底处理问题。而噶尔丹与沙俄勾结，将对大清北地形成浩荡的威胁和影响。
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