一、取坎填离术。内丹学认为，后天的坎离二卦是由先天的乾坤二卦中间的阴阳两爻互换位置形成的。《渔庄录》云：“先天八卦，乾南坤北。因男女交媾之后，乾体破而为离，坤体实而为坎。故后天八卦，谓离南坎北，盖以离代乾，坎代坤也。”
内丹学要从后天返回先天，变离为乾，变坎为坤。丹功修炼则要求将坎卦中的阳爻再抽回来，填人离卦中阴爻的位置上，使之回复到先天乾卦的纯阳之体，内丹家称之为“取坎填离”。离坎二卦在阴阳双修丹法中是男女的代号，意思是以须眉离器中的实阴（又称实汞、砂中汞、龙从火里出）摄取女子坎户中的实阳（又称实铅、水中金、虎向水中生），从而阴阳交媾而成丹。沉寂孤修丹法，又以离坎二卦为心、肾的代号，或以离喻心神，坎喻元熏、实精。如许，取坎填离术在小周天中指心液下降，肾炁上升，又称还精补脑；在大周天中指消阴炼阳，炁定神纯，又称抽铅添汞。《悟实篇》讲：“取将坎位中心实，点化离宫腹内阴。从此酿成乾健体，改变飞跃总由心。”将取坎填离术看做内丹学的根本功夫。丹家称“取坎填离”、“抽铅添汞”、“还精补脑”、“心肾订交”等，用现代的语言说，现实上就是从自我调剂人的性激素及内排泄人手，通过加强人的性功用来恢复大脑的青春活力。再切当点说，就是从调整人的内排泄人手，改进整个神经系统的情况，协调人体性腺和丘脑的负反应机造，由心理的协调推进心理协调及人体潜能的开发。
道教医学原来就有补肾能够健脑的思惟，内丹学则更凸起了肾（中医的肾包罗整个内排泄系统和生殖系统的功用，称做“先天之本”）和脑，包罗神经系统及心理条理的联络。内丹学初关仙术以精为根底，气为动力，神为主宰。人在高度人静的形态中，性腺、松果体、脑下垂体的内排泄彼此激发，从而使全身在心理和心理上都到达一个协调有序的新程度。那就是取坎填离的效果。
《参同契》云：“三五与一，六合至精。能够口诀，难以书传。”《悟实篇》云：“三五一都三个字，古今明者实然稀。”《方壶外史·悟实篇小序》云：“三五与一，六合至精；龙从火出，虎向水生；二物欢会，俱回中宫；三家相见，妊娠结婴。”那些话被称为丹家之秘。现实上，水金和木汞通过实意（土）化合成丹，也是取坎填离的意思。心肝脾肺肾五气朝元，精炁神三华聚顶，都不过是摄取先天一炁与元神凝炼成丹罢了。
二、黑、赤、黄三道关窍说。丹家认定人身实气运行的经脉次要有三条，一称赤道，即脉；一称黑道，即督脉；一称黄道，为中脉。《泄天机》载闵小艮日：“丹家理气，原有二道，日赤，日黑，日黄。赤乃任脉，道在前，心气所由之路。心色赤，故日赤道，而赤性炎上，法必造之使降，则心凉而肾热。黑乃督脉，道在后，肾气所由之路。肾色黑，故日黑道，而黑性润下，法必造之使升，则髓运而神安。原斯二道，精气所由出，人物类以保存者，法故标日‘人道’，丹家、医家详述如斯。黄乃黄中，道介赤黑中缝，位在脊前心后，而德统二气，为阖辟中主，境则极虚而寂，故所经驻，只容先天。凡夫仙胎之结之圆皆在斯境，虽有三田之别，实乃一贯，法故标日仙道。”赤、黑二道丹家称为人道，兼容先、后天之精气运行，黑道有尾闾、夹脊、玉枕三关，过三关秀士泥丸宫；赤道有上田、中田、下田三窍，此外另有天门（眉心）、重楼（气管）、绛宫、黄庭、生门（脐门）等要穴。黄道只容先无邪精、元炁通过，称仙道，自虚危穴（一名阴嶠）透人，过中黄，中转顶骨（天灵盖、囟门）。阴嶠穴乃黄道之天关，关乎人之存亡，故又称存亡窍、复命关；实气回黄，必需纯为先天，不然清浊稠浊，易生“闯黄”、“闹黄”之症。囟门盖骨乃人身生气所凝聚，上应镇星（位于中天，乃五星之中，超出跨越日月星辰之上），丹家称为“人镇”，其光华称“意珠”，可卫护婴儿（未成熟之阳神）。
三、玄关一窍说。玄关一窍为丹家之秘，又有玄窍、玄扎、玄扎之门、虚无窟子、偃月炉、西南乡、戊己门、谷神、六合根等异名。丹家因师传差别，对玄关一窍理解纷歧，有无定位和有定位两种说法。然而揽诸丹经，我们可确定玄关一窍的特征：那一窍，不在身内，不在身外；亦在身内，亦在身外；无形物可觅，无方所可指。丹书谓“此窍不着于幻身，亦不离乎幻身。不着于幻身者，非一切有形之物；不离乎幻身，非可于身外求也”。“着在身上即不是，离了此身向外逃求亦不是。泥于身则着于形，泥于外则着于物”。那一窍，全自虚无中来，自虚无中生，自混沌中求，自虚寂中得。丹家谓“先天一炁，自虚无中来”，欲一识玄关，须穷取生身受炁之初，觅觅乾坤阖辟之祖，阴阳互抱之根。那一窍，功到机现，时至神知；机发则露，机息则隐；只能够无心得，不成以有心求。《唱道实言》云：“玄关者，万象咸寂，一念不成，忽而有感，感无欠亨，忽而有觉，觉无不照，此际是玄关也。”李道纯以一个“中”字为玄关，须丹家心领神会。玄关一窍无体有用，丹家身心静定，方寸湛然，虚极静笃，于实机妙应处，将动未动，未发忽发时，天然见得玄关。此窍一开，百窍俱开，全身八万四千毛孔，三百六十骨节，一齐爆开，百脉顺畅，神炁激动，先天药物随之化生，内丹仙术即可天然运行。
四、内丹学三要件。药物、鼎炉、火候为内丹三大体件。《规中指南》说：“身中之药者，神、气、精也。”丹家先炼后天精、气、神促生先天药物。精气初生时称“外药”，外药先生然后摘。活子时到来初生元精又称“小药”、“实种子”，摘人炉中生为“内药”，故内药摘然后生，为先天精炁。经小周天炼化为“大药”，“大药”又称丹母。炼丹时意念为“火”，唤吸为“风”，火候指炼丹时意念及唤吸运用的水平。急运称武火，缓运称文火，停住吹嘘称洗澡。火候之妙在于实意的运用，意图紧则火燥，意图缓则水冷。丹家用十二动静卦表达十二时火候，有进阳火、退阴符之分，以卦爻铢两计算唤吸次数。内丹火候所用时辰是人身那个小六合里的时辰，实是药物在体内运行的部位、气象的代号。小周天功法小药生时，阳物无念而自举为“活子时”，大周天功法大药生时有六根震动之景为“正子时”。阴阳派丹法摘药时机为火候不传之秘，有“圣人传药不传火”之说。沉寂派丹法以神为火，以炁为药，神炁相抱，一任天然，则药物、火候俱在此中。鼎炉为丹家炼药的处所，药物起行之处为炉，升上之处为鼎。沉寂派丹法有大鼎炉与小鼎炉之分，炼精化炁用大鼎炉。鼎在泥丸宫，炉鄙人丹田；炼炁化神用小鼎炉，鼎在黄庭中宫，炉鄙人田炁穴。阴阳派丹法以女子为鼎器，又有所谓后天鼎、先天鼎、金鼎、玉鼎、水鼎之分。要之，阴阳丹法以少女为鼎器，以天癸为药物，以庚甲为火候；下乘丹法以身心为鼎炉，精气为药物，心肾为水火，年月日时行火候；中乘丹法以乾坤为鼎器，坎离为水火，乌兔为药物，一年冷暑为火候；上乘丹法以六合为鼎炉，日月为水火，脾气为龙虎，以心念为火候。还有最上一乘至实妙道，以太虚为鼎，太极为炉，平静为丹基，无为为丹母，人命为铅汞，定慧为水火，洗心涤虑为洗澡，中为玄关，见性为凝聚，人命打成一片为丹成，突破虚空为了当。
现实上，内丹功法是仙学家数千年来同灭亡做斗争积存下的常识。内丹学的思惟，或是从老树嫁接获得重生而创建出添油接命之术；或是从恒温动物（如熊）冬眠而创前程停脉住的活死人功法；其他如龟息、蛇蜕皮、婴儿握固，无不成为仙学家模仿的具象。